Le 1er janvier 2009, le règlement (CE) n°834/2007 a remplacé le règlement (CEE) n°2092/91 modifié.

Le règlement (CE) n°889/2008  (ARTICLES et ANNEXES ) en définit les modalités d'application.

Un guide de lecture  de la réglementation communautaire a été établi par le Comité National Agriculture Biologique de l'INAO. Il a pour vocation d'aider les professionnels, les organismes certificateurs et les structures de développement dans la lecture et pour l'application de cette réglementation.

Un guide étiquetage    donne des précisions sur ces aspects.

En outre, la France dispose d'un cahier des charges concernant le mode de production et de préparation biologique des animaux et des produits animaux (dit "CCF ") qui complète le règlement communautaire en ce qui concerne les dispositions relatives à l'élevage des lapins, des escargots, des autruches, des poissons et des crustacés de l'aquaculture, dans l'attente de règles de production harmonisées pour ces espèces au niveau européen.

Un règlement spécifique existe également en France pour la fabrication d'aliments pour les animaux de compagnie .

Pour être reconnus comme biologiques, ces produits doivent :

- soit provenir de pays tiers dont la réglementation a été évaluée comme équivalente par la Commission européenne : actuellement 9 pays (Argentine, Australie, Costa Rica, Inde, Israël, Japon, Nouvelle Zélande, Suisse, Tunisie) dont les organismes certificateurs reconnus et les produits concernés figurent dans le règlement (CE) n°1235/2008 ,

- soit avoir obtenu une autorisation d'importation délivrée par le ministère compétent d'un État membre (pour la France, les modalités détaillées sont disponibles sur le site du ministère de l'agriculture).

Dans les deux cas, les produits doivent, lors de leur dédouanement, être présentés avec un certificat original de contrôle émis par l'autorité ou l'organisme de contrôle compétent, tel que décrit dans le règlement (CE) n°1235/2008 .